Hace seis mil años, cuando los primeros humanos llegaron a Cuba, se encontraron con una fauna mucho más rica y diversa que la actual. Entre los mamíferos, llama la atención la presencia de varios géneros de perezosos terrestres de diversos tamaños. El mayor de los perezosos cubanos es Megalocnus, un cuadrúpedo de un metro de alto, metro y medio de largo y noventa kilos de peso. Se ha especulado con la supervivencia de este animal en las selvas montanas de la isla hasta el siglo XV o XVI, pero las dataciones por radiocarbono de sus restos indican que se extinguió hace unos 4700 años. Probablemente, estos grandes perezosos se encontraban entre las presas favoritas del murciélago vampiro, que actualmente está extinto en la isla. Se han descrito varias especies de perezosos algo más pequeños, de alrededor de medio metro de altura, como Acratocnus, un perezoso semiarborícola de grandes garras y unos cincuenta kilos de peso que vivía en las selvas de montaña, y Mesocnus, un animal gregario muy abundante a juzgar por los doscientos individuos encontrados en una sola cueva. Más pequeño aún es Neocnus, de medio metro de longitud; se caracteriza por su hocico ancho con fuertes mandíbulas, sus patas gráciles con grandes garras y su cola larga y fuerte, que le permitía erguirse apoyándose en el trípode formado por la cola y las patas traseras.

Hoy en día, no existen perezosos en las Antillas. Tampoco hay primates, excepción hecha del hombre, pero los restos fósiles indican la existencia en tiempos históricos del pequeño mono semiarborícola Paralouatta varonai, semejante a un mono aullador, aunque con la cola más larga. Sí sobrevive el almiquí, pariente de topos, erizos y musarañas, aunque es uno de los animales más raros del mundo: desde su descubrimiento a mediados del siglo XIX solo se ha capturado una treintena de ejemplares. El almiquí cubano, como su pariente de la vecina isla de La Española, es un animal nocturno de unos cuarenta centímetros de longitud, con una larga cola escamosa. Tiene el hocico largo y estrecho, y su saliva es venenosa. Vive en madrigueras en los bosques de montaña del este de la isla, y se alimenta de insectos, hongos, frutos, y de presas más grandes, como ranas, lagartos, pájaros y roedores, a los que mata con su veneno. Una especie algo mayor, el almiquí gigante (Solenodon arredondoi), desapareció debido a la destrucción de su hábitat y a la introducción del perro en la isla por parte de los pueblos precolombinos. Superaba el medio metro de longitud y pesaba unos dos kilos, vivía en el oeste de Cuba, y era quizá el único gran mamífero depredador de la isla antes de la llegada del ser humano.

Emparentados con los almiquíes estaban los nesofóntidos o musarañas antillanas, hoy extintas. Eran pequeños insectívoros de entre cinco y quince centímetros de longitud, con el hocico largo y estrecho y la cola larga. En Cuba había dos especies, que desaparecieron, como sus parientes de otras islas, con la introducción de las ratas.

Otro grupo de animales endémicos de las Antillas, las jutías, tiene también su representante extinto en Cuba. Las jutías son roedores de gran tamaño, de cuerpo y cabeza robustos, semejantes a la capibara o a la cobaya. En Cuba vive la jutía conga, un animal arborícola y omnívoro de unos siete kilos de peso y medio metro de longitud sin contar la cola de hasta treinta centímetros. Pero en la antigüedad, y quizá hasta el siglo XVI, había en la isla otras dos especies: Geocapromys columbianus, semejante a la jutía conga, que vivía en las selvas, matorrales y roquedos de la isla, y Geocapromys pleistocenicus, de mayor tamaño, habitante de las selvas. Sin embargo, los parientes más próximos de estas dos jutías extintas no se encuentran en Cuba, sino en Jamaica y las Bahamas. Curiosamente, de otro grupo de endemismos extintos de las Antillas, los heptaxodóntidos o jutías gigantes, que, a pesar de su nombre, estaban más emparentados con las chinchillas que con las verdaderas jutías, no se ha descubierto ningún fósil en Cuba; algunas especies fueron contemporáneas de los humanos en La Española, Puerto Rico…, pero la especie más grande, Amblyrhiza inundata, con un peso de entre cincuenta y doscientos kilos, se extinguió en las islas de Anguila y San Martín hace cien mil años.

El número de especies de aves recientemente extintas en Cuba es elevado. Nesotrochis picapicensis pertenece a un grupo extinto de aves gruiformes no voladoras endémicas de las Antillas, semejantes a las fochas y calamones, pero emparentadas con las polluelas y rascones africanos de la familia de las sarotrúridas. Antigone cubensis es una grulla no voladora, de mayor tamaño y con el pico más ancho y las patas más robustas que la grulla canadiense, única grulla presente hoy en día en Cuba.

Varias aves rapaces se han extinguido en Cuba, como Buteogallus borrasi, un busardo del tamaño de un águila, de hasta ochenta centímetros de altura, que probablemente se alimentaba de roedores, insectívoros y reptiles, que cazaba desde el aire. Parece que era bastante abundante, y vivía sobre todo en las sabanas.

Entre las rapaces nocturnas, destaca el cárabo corredor gigante Ornimegalonyx, de más de un metro de altura y unos nueve o diez kilos de peso; es el búho más grande conocido, y probablemente no podía volar, o volaba con dificultad. Tenía las patas muy largas, con fuertes garras, el cuerpo rechoncho y la cola corta. Se alimentaba de grandes roedores y pequeños perezosos, que cazaba por emboscada, quizá saltando sobre ellos desde los árboles con las alas extendidas. También se ha extinguido el lechuzón Pulsatrix arredondoi, cuyos congéneres hoy solo están presentes en Centro y Sudamérica.

La abundancia de grandes mamíferos y tortugas gigantes, como Chelonoidis cubensis, hoy extinta, favoreció la presencia de dos grandes carroñeros: el buitre de Emslie y el cóndor cubano. El buitre de Emslie (Cathartes emsliei) es un buitre del Nuevo Mundo, bastante más pequeño que el aura gallipavo presente hoy día en la isla, cuyos restos se han encontrado en el oeste de Cuba. El cóndor cubano (Gymnogyps varonai) es mayor y más corpulento que su pariente vivo más próximo, el cóndor de California, y tiene el pico más robusto, adaptado para atravesar el caparazón de las grandes tortugas y la gruesa piel de los perezosos terrestres de los que se alimentaba. Ambos se extiguieron como consecuencia de la desaparición de la megafauna de la isla. Como ocurre a menudo, la extinción de una especie desequilibra el ecosistema y provoca la desaparición de otras especies.

No podemos terminar sin hablar de una especie extinguida en tiempos mucho más recientes: el guacamayo cubano (Ara tricolor), desaparecido en el siglo XIX. Con una altura de menos de medio metro, era uno de los guacamayos más pequeños. La tonalidad general de su plumaje era roja parduzca, con la cara y el pecho naranjas, la nuca y los hombros amarillos, blanco alrededor de los ojos, y azul en las alas y la cola. Cazado por su carne y como animal de compañía, primero por los nativos y después por los europeos, muchos ejemplares acabaron en jaulas en Europa. El guacamayo cubano anidaba en troncos huecos y se alimentaba de semillas y frutos; los últimos ejemplares fueron capturados en la década de 1850 en Cuba y en 1864 en la vecina isla de la Juventud, y el último avistamiento data de 1885. Varios huracanes que arrasaron el oeste de Cuba a mediados del siglo XIX pudieron contribuir a la extinción de la especie. Hoy en día solo se conservan diecinueve pieles en quince museos del mundo, y los únicos esqueletos existentes son subfósiles encontrados en yacimientos de la isla. En 2005 se descubrió una nueva especie de piojo, Psittacobrosus bechsteini, gracias a un espécimen muerto encontrado en una de esas pieles conservada en un museo de Alemania; se piensa que era un parásito exclusivo del guacamayo cubano, y por tanto ambas especies se extinguieron al mismo tiempo.